开始一个结局
“使徒……受到使徒入侵了吗？”
发令所里回响着冬月的声音。
“对中央大垂直沟实行物理封锁！把SIGMA UNIT隔离起来！”（SIGMA UNIT即SIGMA单元，NERV本部中的一个区域，而实验室Prinbnow Box位于SIGMA UNIT D-17区，详见原作第13话）
NERV本部内。
原本正在进行的自动操纵实验。可身为实验室的Prinbnow Box却遭到了使徒的占领。
之前曾经有过不祥的征兆——蛋白壁上的“污渍”。
使徒突如其来的增殖，从导管开始向着整个实验室延伸开来。接着又侵蚀了实验中的模拟素体。为了排除影响而发射的镭射光线也遭遇AT力场，完全没有效果。
两位驾驶员已经连同实验用插入栓一起被发射到外面了。
依照源度的指示，为了防止侵蚀，3台EVA也全部被发射到地面，与使徒保持距离。
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“那就是使徒吗。看样子这会儿没法继续工作了啊。”
中央大垂直沟深处。
望着头上沿着墙壁伸展的橙红色光点，加持自言自语道。随后他从集装箱上跳进了旁边的一条过道里。
正一路向前走，突然感觉到前面有人的气息，他立刻摆出了战斗的架势。
“好久不见了呢。”
苍蓝色头发的少女发话了。加持紧绷着的身体放松了下来。
“啊，赤木博士。您果然还活着呢。”
“什么嘛，你早就意识到了啊。这么说，那孩子也已经知道了？”
澪露出少许不满的表情。
“不，我想她应该不知道吧。……话说您找我有何贵干？”
“也没什么特别的事啦。只是有些话想请你转告那孩子：‘那个使徒类似微型机器，恐怕它的目标是MAGI。趁早做些对应的准备吧’，就这些。”
加持露出一副无惧的笑容。
“这我倒是可以帮您。不过您这样做好吗？居然会在我面前现身，要是这事让老人们知道了，不是会出问题的吗？”
“没什么问题嘛，至少对我来说是这样呢。对那个人倒是会稍微造成一点麻烦就是了。……再说了，你不也有把柄握在我手里吗？”
黄色的眼瞳中闪烁着奇怪的神采。
“我的……把柄？”
“是啊。还是说你和律子之间的事，捅给小美里知道也无妨？”
加持的身体一下子僵住了。过道里回响着少女的笑声。
“就这样吧，拜托你了哦。”
说完，澪转身离开了。
只剩下暂时石化的加持还站在那里。
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“针对MAGI……是吗。”
接到加持打来的电话，源度问道。
“是的，虽然这话原本不是传达给司令您的，但如果由我告诉她，也未免太奇怪了。”
“我明白了，辛苦你了。”
源度挂断电话，冬月凑了过来。
“怎么了？”
“是那个人传来的情报。……赤木博士，这个使徒类似于微型生物机器。现在恐怕已经形成了模拟的电子回路。请你加固对MAGI的防御。”
站在发令所下方的律子点了点头。
“针对MAGI吗……那交给‘她’来处理不是更好吗？”
“如果有这个必要的话，她早就站出来了。再说了，她应该也早已掌控了这里大部分的系统才对。”
“……比起使徒，这一点更让人不舒服呢。”
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使徒一点点地破译了密码，突破了重重防御程式。
“改变MAGI的逻辑模式！同步标准改为以15秒为1单位！”
律子的声音响起。
“MAGI·Melchior，已与使徒接触！”
“大概还能坚持多久？”
“按至今为止的速度推算，大概还能撑3、4个小时吧。而在那之后，那家伙的下一个目标就会是MAGI·Balthasar了吧。”
“……这样下去的话，MAGI会变成敌人的。”
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作战会议室里。以源度为首，发令所的全体职员都聚集到了这里。
“它们由单独的个体组成一个群体，并在极短的时间内完成了爆发性的进化。”
“进化……是吧。”
“虽然一开始它们对臭氧没辙，但之后通过更新换代形成了能够克服臭氧的种群。而且还具备AT力场的防御效果。”
“能不能用天使的背骨一次性把它们全解决掉？”
“那样做会连同本部一起毁掉的。”
“还有其他的方法的吧？”
“是的，如果使徒的目标是持续进化的话，我们就能反过来利用这一点。”
“进化的终点是自灭。所以你打算促进它的进化？”
“是的。”
“明白了，就按你想的去做吧。”
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律子叫来摩耶。
“摩耶，我为了延缓使徒对MAGI的侵蚀，需要负责不停地展开新的防御程式。所以自灭促进程式就交由你来写。”
“由，由我来写吗？”
摩耶惊讶地望着律子。
“嗯，你的话一定能做到的。要是MAGI的3个部分中有2个部分都遭到使徒的侵蚀那可就麻烦了。还有3个小时，我相信你。”
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“这样好吗？交给那孩子去做。”
“嗯。她可是很优秀的哦。说到程式操作，她绝对有资格当我的继承者了。”
“……那你为什么还要让自己的得意弟子去驾驶EVA啊？”
“这还用问吗？因为她是我最为信赖的人啊。”
两人把视线投向那里，眼前是飞快地敲击着终端机键盘的，玛雅的样子。
用美里听不见的细小声音，律子自言自语道。
“而且我不想让其他人碰呢……毕竟那是妈妈的机体啊。”